Windows 3.x 的独特功能有图形用户界面、多任务程序执行、虚拟内存等等。
图形用户界面是一个容易使用的界面。它的通常意义是多数程序使用 Windows 通用图形控件（比如按钮、文本编辑框等等）来与用户交互。这让用户使用程序时感觉更容易，并且通过这个方式很多经常做的任务可以只用鼠标点击就能完成。由于对多数计算机用户来说使用鼠标比使用键盘更容易，Windows 对他们就意味着一个大的进步。
多任务程序执行意味着在一台计算机上多个程序可以同时运行。另一方面，用户可以在运行着的程序之间共享信息并且他也可以同时做多件事。比如说，用户可以一边听音乐一边写文章。另一个例子是用户在“记事本”和“计算器”之间共享信息以便做一个计算然后将其答案写到文档中去。这个工作可以通过使用 Windows 剪贴板来完成。使用多任务的优点同样可以在以下这个情况中看到：当你的电脑空闲或并非很忙时，诺顿磁盘整理程序在后台优化你的磁盘。于是你不必启动它并等它结束。
虚拟内存是这样一个概念：当系统内存不够时，操作系统将物理内存中不使用的数据交换到磁盘上去。这个功能允许你运行比物理内存中可存放的数目更多的程序。这意味着，内存不多的老计算机也可以运行大的或者更多程序。当然，使用磁盘代替内存将使计算机速度变慢，所以只应该在任务并非对时间敏感的时候使用这个功能。
Windows 3.x 支持文件关联。这个功能让你可以在文件管理器中双击打开一个文件。文件关联信息是存储在 Windows 注册表内的。在新版本的 Windows 中（比如 Windows 95 等等），注册表除了含有文件关联信息之外还含有更多信息，比如卸载信息、组件/程序注册信息。
Windows 3.x 的其他功能包括：没有 640KB 常规内存限制、True-Type 字体（3.1 或更高版本）等等。对 MS-DOS 用户来说一个很大的问题就是 640KB 常规内存限制。这个让用户必须考虑什么程序应该运行而什么不应该运行。为了平衡常驻内存程序和普通程序以使它们都能装进内存，用户可能需要太多的知识、太多的帮助和太多的时间。在 Windows 3.x 中，这个就不是那么重要的问题了，因为高于 640KB 的空闲内存可以更容易地被程序利用了。在将来的 Windows 版本中，这个问题就越来越小以至于在 Windows 98 及更高版本中这个问题几乎不再是一个问题。
True-Type 字体让用户享受“所见即所得”，因为它们在计算机屏幕和打印出来的纸上是一样的。而且，它们是完全可调大小的。这的确是一个不错的功能。